คือสิ่งมีชีวิตเซลล์เดียวครอบคลุมทั้ง แบคทีเรีย (Bacteria) ไวรัส (Viruses) เชื้อรา (Fungi) ปรสิต (Parasites) ซึ่งอาศัยอยู่ในส่วนต่าง ๆ ของร่างกาย

ไม่ว่าจะเป็นบริเวณผิวหนัง ช่องปาก ช่องคลอด และอยู่ที่ระบบทางเดินอาหารมากที่สุด ส่วนใหญ่ 90 % อาศัยอยู่ในลำไส้ (Intestinal tract) แบบพึ่งพาอาศัยกัน (Symbiosis) บางชนิดมีส่วนช่วยป้องกันโรค  ช่วยกระตุ้นกระบวนการเผาผลาญ การย่อยอาหารและการขับถ่าย เสริมระบบภูมิคุ้มกัน  หากจุลินทรีย์ขาดสมดุลก็ทำให้มีความผิดปกติเกิดขึ้นในร่างกาย โดยจุลินทรีย์ในระบบทางเดินอาหารมีมากถึง 5,000 ชนิด

เเบ่งเป็น 2 กลุ่ม ได้แก่